港鐵
2000's 將軍澳綫二期 - 康城站
為配合港鐵將軍澳地區86區開發項目，港鐵早在將軍澳綫興建時預留了位置設置將軍澳南站，將軍澳南站跟貼於將軍澳綫車廠旁。
土木工程於二零零六年六月展開，經過三年的時間，原命名為將軍澳南站的車站正式命名為康城站，並於二零零九年七月二十六日啟用。
2000's 九龍南綫
九龍南綫總長約3.8公里，主要建於地底，是用以連接東鐵綫紅磡站及西鐵綫南昌站，使乘客更容易來往香港各地。
南環綫的定綫從西鐵綫南昌站開始，沿機鐵定綫旁向南至機鐵九龍站以東，設原命名為九龍西站的柯士甸站。 離開柯士甸站後，定綫再沿廣東道南行，到近前水警總部附近向東轉入梳士巴利道連接尖東站。
九龍南綫在二零零九年八月十六日啟用後，西鐵綫在九龍的終點站將會由現時的南昌伸延到紅磡站，並連接東鐵綫；而東鐵綫終點站則會退回至紅磡站。
2010's 貨運服務的終結
九廣鐵路自一九一一年全線通車以來，便開始經營往來中港的貨運業務，除了在二戰期間服務無可奈何地暫停外，過去九十九年以來每日都會為中港兩地的市民運送糧油物資等貨物。
唯自二十世紀九十年代開始，隨著中港之間多個口岸相繼開通，中國各地的公路網日益完善，加上當時政府在加強鐵路在中港物流上的角色一事表現得不太積極，連接貨櫃碼頭的鐵路線規劃一直以來只是在紙上談兵，導致鐵路貨運在二十世紀九十年代末開始逐漸衰落。
兩鐵合併之後，鐵路貨運業務無可避免地被港鐵重新審視。最後，港鐵於二零一零年六月十五日取消鐵路貨運業務。
郵政列車
九廣鐵路上的其中一類貨運服務，就是郵政列車。當時為提高中港兩地之間跨境郵件運送的效率，自1953年10月20日起，內地有關部門便開始 安排以內地的郵政車廂到港，以負責運送郵件。起初，當郵政車廂從內地抵達羅湖後，便會加掛在由柴油機車牽引的列車後，運往市區。唯在 九廣鐵路(英段)(現東鐵綫)電器化後，九廣鐵路則改為安排專門的貨運班次負責郵政車服務。
隨著貨運服務的終結，與及配合鐵路工程的展開，香港鐵路上的郵政列車服務亦於二零一零年六月十五日取消。 二零一零年六月十四日早上，隨著東鐵綫G16柴油機車56號於國際郵件中心拖走內地的郵政車 UZ 8009 北上深圳後， 香港郵政列車的服務亦正式劃上句號。
